Modélisation et analyse, globale et locale, de réseaux d’interactions biologiques hétérogènes (RIBH) appliqué à la Levure.

Le travail présenté s'articule autour de l'étude in silico des réseaux biologiques en abordant aussi bien les aspects d'intégration, de formalisation et de modélisation des réseaux et sous-réseaux biologiques. Dans ce contexte, les travaux ont porté dans un premier temps, sur le développement d'un outil d'intégration Cyclone à même d'assurer un accès et une exploitation simplifiés des données présentes dans la base de données BioCyc puis, dans un second temps, sur le développement d'un cadre de modélisation des graphes particulièrement adapté à l'étude de réseaux d'interactions hétérogènes, MIB (pour Modèle d'Interaction Biologique). Enfin, ces développements ont été mis à profit afin d'une part, de caractériser et d'étudier la présence et le mode de connexion de sous-réseaux ou motifs à l'intérieur de réseaux plus vastes et d'autre part, d'étudier et de modéliser la voie métabolique du galactose chez la levure Saccharomyces cerevisiae en tant que boucle de rétroaction impliquant régulation transcriptionnelle et interaction protéine-protéine.



Model and Analysis, Global and Local, of Heterogeneous Biological Interactions Networks (RIBH) Applied to Yeast.

This work studies biological in silico networks. It assess the question of integration, formalism and model of biological networks and subnetworks. First, an integration tool called Cyclone was developed to simplify the access and analyse biological information of the Biocyc database. Then, a graph model framework to analyse heterogeneous networks, MIB (for Biological Interaction Model) is presented. Finally, on one hand, these methods were used to study how subnetworks were linked together and to study network motifs in larger networks, and on the other hand, to study and model the metabolic pathway of galactose in yeast (Saccharomyces cerevisiae) that includes a heterogeneous feedback loop made of protein-protein interaction and transcriptional regulation.


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